財政部9月12日於行政院院會提出「配合經濟發展之關務創新作為」報告，表示隨著經貿環境的變遷，通關必須更自由化，更便捷化，但同時也要達到邊境管制的目的，尤其在自由經濟示範區的環境中，原有封閉的保稅區變成虛擬的大保稅區，未來海關的查核將由「點」轉為「面」，因此，海關積極規劃具體可行的關務創新作為，希望在貿易便捷與邊境管制之間求取平衡。
在便捷通關方面，海關整合「海關通關系統」、「航港資訊網」及「便捷貿e網」三大資訊系統，建置「關港貿單一窗口」並自102年8月19日正式上線，以「一次輸入，全程服務」提供進出口相關業者更便捷之通關環境；另外，配合自由經濟示範區「前店後廠」政策，以電子帳冊、遠端稽核、分級管理及實地查核等創新措施，促使港區貨暢其流，並兼顧海關邊境管制之責；海關也持續推動優質企業（AEO）認證，並與各主要貿易對手國洽簽相互承認協議，藉由「確認守法，海關少管」之風險管理策略，海關得將有限資源有效率地投注在高風險群，而守法業者可享快速便捷的通關優惠，共創雙贏目標。
在邊境管制方面，海關積極導入現代化機器設備以提升查緝效能。以RFID電子封條加封貨櫃，海關對貨物的移動狀況瞭若指掌，可有效降低貨物被掉包的機會。又以大型X光貨櫃檢查儀及輻射偵測儀等高科技查緝工具，在不破壞貨櫃及貨物包裝下，危安或管制物品無所遁形，海關查緝效能有效提升；另外，海關利用犬隻嗅覺靈敏、機動性高等特性，積極建置緝毒犬隊，除在邊境上成為查緝毒品的最佳輔助工具外，也配合檢警機關協助市面緝毒，期能截毒於關口，維護國民健康。
為有效稽核免稅商店銷售帳冊及貨物流向，行政院原則同意財政部所擬無須登錄旅客護照號碼及簽名，業者須與海關作電腦連線，以不影響前端銷售作業的情況下，在電腦主機設備能量有餘裕時，儘速將銷售資料傳送至海關關港貿單一窗口國際免稅店系統。
財政部表示，貿易便捷化與邊境管制同等重要，都是國家賦予海關的重要職責，海關將持續運用新思維及先進科技，推動各項關務創新作為，未來並將擴充關港貿單一窗口，串接自由經濟示範區之智慧運籌雲平台，支援經貿產業發展，並藉助現代化管理技術，平衡貿易便捷化與邊境管制，打造便利的經商環境，為國內經濟發展注入嶄新成長動能。
